御由緒
当神社の創建は定かではありませんが、古典によりますと当社御祭神の事代主神は「大国主神の第一子で　国譲りの際信頼を受け、父神のご相談にのられました　その後首渠神（ひとごのかみ）として八十万の神々を統率し高市に集め　この天高市（飛鳥）に鎮まりました」とあります　また　先代旧事本紀には「大已貴神（大国主神）は高津地神を娶って一男一女を生み　その御子神である車代主神が　高市社である廿南備飛鳥社に鎮座されている」と記載されています　なお高市とはＴってなの斎場（いつにね）」と呼ばれ「小高い所にあるまつりの庭」を音嵯するといわれています 　また　万葉集の中で「飛鳥の神奈備」は　連綿と仰いできた神の森に人々が守られてきた様子が数多く謳われています。
　次に　廷喜式神名帳には「飛鳥社四座　並びに名神大　月次新嘗　相嘗」と記され当時の神社の格付けの中で上位に置かれていたことが伺えます　この廷喜大神名帳とは平安時代にはじめて神社の格付けがされ　当時これに記載された神社は大内社と呼ばれました　その数は二八六一社でそのうち　新嘗祭の前に朝廷よりお供えをされる重要なお祭りが相宵祭で、全国にわずか七一坐に限られ　当社はその内の四座をしめています。
　また「類聚三代格」（政府令）に「封戸ある大社は小社を修理すること」の一例に「たとえば飛鳥社が関係のある天大玉・臼滝・櫛玉・賀屋鴫比売神の四社を修理しているがごとく」と記されています。
　日本紀略によれば　天長六年（八二九）高市那賀美郷にある神奈備山から　同郡同郷である　現在の地（外形山）に神託によって遷座されたことが記載されています 　古代より　国・民の重要な守護神として　この飛鳥に鎮まる当社には民子はなく　創始以来代々お護りしてきた神主家は　神主大比古今が崇神天皇より「大神朝臣飛鳥直」の氏姓を賜わり「飛鳥」の姓で今に至っております　　徴代印　天車代主神から数えて七世に当たることが「世系図」や「新撰姓氏録」に記され現在の宮司は八十七代目に当たります。
御神徳
　車代主神には「都味歯ハ重車代主神」・「於天事代於虚事代玉籤入彦厳之車代主神」という尊称があり　天地・宇宙に広がる御神徳が八重に積み重なっている神様です。
　家内安全　商売繁盛　開運厄除　夫婦和合　身体健康　生育安全　念願成就等の御神徳があります。
　また「むすひの神」として広く世に知られ相ふさわしいものを結び・産み・育てるとされる御神徳は　子宝　安産　縁結びの信仰と篤く全国に広がっています。
なお「創造・創作の導き神」として芸術に携わる人々の信仰に乞つながっています 　　　　　　　　

御祭神
八重事代主神　飛鳥神奈備三日女神　大物主神　高皇産霊神